此后去世的耶稣会士都埋葬在利玛窦墓前墓道两侧。清顺治十二年（1655年），汤若望上书扩建施施兰陵园，获准。康熙五年（1666年）汤若望病逝后，按照生前遗愿安葬于利玛窦墓西侧。汤若望墓道两侧按照中国传统设置了望柱和石像，有石羊、石狮、石人、石马等。
此后，越来越多的传教士安葬在利玛窦和汤若望墓前，最终将东西两座墓地连接起来。其中就有著名宫廷画家、圆明园西洋楼的设计者郎世宁。截至1900年，什什拉公墓有近百座坟墓，其中74座是耶稣会士的坟墓。
1900年6月，义和团进入狮狮栏墓地，毁坏墓碑，挖坟墓，墓地彻底被毁。战后，根据《辛丑条约》第四款，清政府投资一万两白银，重建栅栏墓地。教堂将收集到的遗骸埋葬在墓地北端，竖起坟堆，并建了一个六角形的小亭，上面有圆顶，称为烈士藏骨堂，也称致命亭。墓地散落的众多墓碑中，利玛窦、汤若望、南怀仁、徐日升、龙华民、索芝芝等六位西方传教士的墓碑集中竖立，并加灰砖框保护。 。
中华人民共和国成立后，石狮栏公墓移交给中国天主教爱国会，一切照旧。 1966年“文化大革命”开始，利玛窦等人的墓碑被拆除，但仍得到保护。诸圣堂于1973年被拆除，原址用于修建食堂。外墙上七十七座传教士墓碑散落在庭院各处。此前迁往北部王的数百座坟墓也未能幸免。信徒们被迫亲手击碎墓碑，倒出尸骨。这些石头被农民拿走，用作建筑材料。现在墓地已经变成了农田，没有留下任何痕迹。
1979年，中央批准社科院修复利玛窦墓的提案，深埋地下的三位传教士的墓碑终于重见天日。在利玛窦墓碑的正面钻了一些不太深的小孔，然后将其磨平，然后重新雕刻。汤若望、南怀仁碑被打碎，粘合后恢复原状。这样，三位传教士的墓碑就重新竖立在原来的地方，排列成倒立的形状，中间是利玛窦的墓碑，左右立的是汤若望和南怀仁的墓碑。
