1908年，也就是光绪三十四年，执掌大清国政五十载的慈禧太后，终于结束了她祸害国家、残害百姓的生涯。10月22日午后四时许，太监们抬着鹅黄色的吉轿，将慈禧的遗体从西苑的仪鸾殿运至皇极殿的床上。此时，隆裕太后和瑾妃在场，亲眼目睹了慈禧经过一系列繁复仪式后，被送入棺材之中。寻常人家通常停灵三到五天，或者七天，但慈禧的灵柩却停留了整整一年，直到宣统元年十月初四，溥仪即位之后，才将其正式安葬在普陀峪的定东陵地宫之中。
定东陵是慈禧太后去世后的安息之地，在其丈夫咸丰皇帝的陵墓落成之后便着手建造了。依照规定，慈禧与慈安两位太后的陵寝必须建在咸丰定陵旁边，并且两人的灵柩要并排安放。但慈禧对这种安排感到不悦，坚持要求与慈安各自拥有独立的陵墓。最终同治皇帝只得破例行事，在普陀峪为慈禧建造陵寝，在普祥峪为慈安建造陵寝。这两座陵寝开始建造于同治十二年，持续到光绪五年才最终完工。整个工程历时六年，总共花费了五百万两银子。不过，慈安太后去世后，实际掌权的慈禧产生了超越慈安地位的念头。不清楚这是慈禧本人的授意，还是身边侍从们揣摩上意的能力很强。光绪二十一年，负责看管慈禧陵墓的官员竟然向朝廷反映，由于时间久远，陵墓已经出现破损，并且时常有雨水渗入，因此请求国家提供资金进行修缮工作。
你声称负责看管陵墓，太后却没搬进去，就出现了渗水问题，这难道不是渎职可能招致杀身之祸的行径吗？不过慈禧接到消息后毫无恼怒，反而指示财政部门拨款修缮，并指定庆亲王与荣禄二人共同监督实施。最终不仅所有旧瓦都被拆下更换新材，连主殿及东西配殿后来也彻底拆除重新建造。四年间，官府在这项浩大工程上投入了高达一百五十万两的白银。定远舰造价仅140万两白银，倘若不建造陵墓，这笔钱足以让北洋舰队添置一艘大型铁甲舰。慈禧离世前四日，她的陵寝最终完工。然而安葬二十年后，军阀孙殿英盗掘了慈禧陵墓，将陪葬珍宝全部掠走。满清旧臣们悲泣着进入地宫，含悲将散乱的慈禧遗骨重新装殓，安回棺内。1983年12月，文管所重新启开了慈禧的棺椁，对其中的陪葬品进行清点整理。专家团队借助专用工具将慈禧的遗体抬出，待文物清理干净后，随即对棺木进行了必要的修补，最终将遗体再次安放回棺内，整个过程便是慈禧三次下葬的完整记录。
光绪帝的死亡原因，学者们已经查证清楚，大致认定系砒霜中毒所致，但投毒的幕后主使，有人指称是慈禧，亦有人认为系袁世凯所为，相传慈禧身边的宠信宦官李莲英，有个姐姐曾蒙受慈禧优待，担任过一段时间的近侍，民国年间，她向人透露，慈禧并非因病离世，而是因慢性毒药而亡，她声称，策划下毒的元凶，竟是光绪皇帝本人光绪皇帝一心想要掌握权力，却不断遭到慈禧的阻挠。为此他暗中拉拢了慈禧身边的亲信，在慈禧的饮食中偷偷下毒，最终导致慈禧身亡。然而出人意料的是，慈禧临终前竟然下令毒死了光绪皇帝。
