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与我国历代皇帝的陵墓相比，明十三陵具有三个显著的特点。
，陵区整体特点尤为突出。我国古代帝王陵区的设置早在战国中期就随着陵墓的修建而出现。它的起源是我国古代以家族为单位，按等级、宗法礼制安葬贵族的“陵园”原则。各个时代的陵区规模和修建都不一样，给其他时代的帝王陵墓留出了活路，不褒不贬，只说不同之处。
唐代和北宋时期，各陵都有陵门、神道、石刻，各成体系，虽然从地理位置上看，它们构成一个整体，但在修建时，没有考虑它们之间的统一性和整体联系。
十三陵则有所不同，虽然各陵都有各自的祭祀殿堂、明楼、宝城，形成一个独立的单元，但陵区内的长陵神道，却是各陵共用的“总神道”，共用的石牌坊、石刻，以及各陵墓有序的葬法，使得陵区建设紧密相连，各陵墓共同构成一个整体。
第二，陵墓修建规矩独特。我国古代，从秦汉到唐宋，帝王陵墓修建多以斗状陵台（陵墓）为主，前设寝殿，四面围以方墙、设门，前设神道，形成大致均衡对称的方形陵墓体系。直到明太祖朱元璋修建孝陵，才一改古制，创新为前有方形院落，后有圆形院落（圆形宝城），陵顶、明楼、拜殿沿中轴线纵向排列的新式陵墓规划方法，陵前神道采用多拐弯的弧形道路形制，形成了秋叶陵地网络。
明十三陵的建筑设计基本继承了孝陵的原则，但做了一些修改。例如，在明十三陵明楼内设置圣号碑，进一步增强了建筑的象征作用；棂星、宝成马道比孝陵更便于巡陵；方城前设置石供桌和棂星门，增加了陵墓的纪念气氛，也为宽敞的方城前院增添了点缀。
在清静曲折的明长陵神道上，墓门（大红门）、神功碑亭、石像、龙凤门等陵墓礼器均源于孝陵标准。但昭峪门前石牌坊的设置、石像前石柱的更换、石像中增加功臣塑像等，都是新创。明十三陵的墓室也极具特色，既不同于秦汉时期的木棺室标准，也不同于唐代开山凿洞的做法，而是真正的将琉璃构件深埋地下的宫殿式建筑。
三是自然环境优美壮丽。我国古代帝王陵墓选址多受风水学的影响。由于明代皇家陵墓选址都是按照当时流行的江西法，即情境化风水术选址，注重龙、洞、沙、水的搭配关系，而十三陵所在的天寿山这一吉地，正是永乐年间廖均卿等江西著名风水师选定的。因此，十三陵的自然环境具有四面青山环绕，中殿宽阔，水流蜿蜒的特点。各陵位置均背山面水，左右环山。与平原上修建的陵墓相比，此陵墓遗址的自然景观更为舒展、绚丽，更能展现帝王陵墓的庄严与宏伟。
陵墓的主要建筑至今仍保存完好。
十三陵环境由山川、河流、森林、植被等多种要素构成，相关管理机构对陵区古树名木的原始状况均进行了登记、建档、记录。陵区水系除在陵区东南侧新增一处建筑外，未发生较大改变，不会影响陵墓安全。
明十三陵长陵千恩殿是长陵地上建筑中最为重要的建筑，坐落在须弥座式基座上，四周环绕三层汉白玉栏杆，是我国目前保存完整的少数大型楠木殿堂之一。
明十三陵长陵的钦恩殿共有60根大楠木柱支撑，如此巨大的楠木建筑在世界上实属罕见。
为保护十三陵独特景观，北京斥资1.7亿元对陵区进行大规模拆除整治，包括拆除陵墓周边50米内8万平方米的民房和建筑；将道路两侧30米内可见建筑全部刷成灰色，确保色调统一；拆除露天景区商业亭台楼阁，增设中英文招牌；将陵墓周边的电线埋入地下。
据十三陵特区办公室副主任聂有义介绍，耗资3800万元的德陵抢修工程已进入收尾阶段，康陵、庆陵的修缮工作也将于今年启动，预计到2008年将投入4亿元完成7座危旧陵的修复。
明十三陵的地下为墓主人安葬的隐秘宫殿。除思陵重建外，各陵墓的陵寝均保持原貌，保存较为完整。明塔中，唯思陵已不复存在（建国前已毁）。昭陵1986年修葺时，按明代原制改建。其他陵墓的明塔均保存至今。
在所有陵墓中，只有定陵于1956年被发掘。除定陵宣宫内设置必要的防护网，地面铺设防护橡胶皮，并将出土文物存放在仓库内妥善保管外，其余陵墓室均保持原貌和完整性。各陵宝城原制有尊恩门、尊恩殿、左右配殿、神博灶、棂星门、石五供、宰牲亭、神厨、神库等建筑。
现长陵的先恩殿、先恩门、神思炉保存完好，昭陵的先恩门、先恩殿为1986年重建。其余有的在建国前已倒塌，有的则保留了建筑遗址，至今未曾改变。各陵的宰牲亭、神厨、神库，除昭陵于1990年在原址按原制重建外，均保持原貌。
各陵前均建有神道，长陵神道内设立的石牌坊、大红门、神功圣德碑亭、石像、龙凤门等主要建筑保存完好。其中神功圣德碑亭、大红门、龙凤门等为建国后修葺。其他陵墓的神道、神功圣德碑亭清代均被拆除，现存石碑和部分石桥尚在。明代在陵殿内外及神道两侧栽种了大量松柏，现陵殿内松柏长势旺盛。神道两侧的松柏大多为清代所砍伐。 各陵除陵寝殿宇外，明代还设有监舍、祖庙、朝堂等附属建筑。这些建筑中，监舍清代已成为自然村落，但城墙、门楼尚存。祖庙、朝堂在清代已毁，无遗迹保存。陵区内妃嫔、太监墓在清末被开垦为农田。地下墓室保存完好，地上陵墓有断壁残垣和一些石刻。宫殿、九龙池、山口城墙在清代已毁，保存部分遗迹。
总体来看，十三陵经历了清中晚年、民国、中华人民共和国三个不同的历史时期，虽然数百年来屡遭风雨雷雹等自然因素的破坏，以及一些人为的破坏，但陵墓主体建筑至今保存完好，陵墓布局清晰完整，地下墓室保存完好。古建筑和遗址没有受到后人过多的干扰和改变，自然环境也未遭到破坏，真实性和完整性非常高。
